Por otra parte, en 1767, al llevarse a cabo la expulsión de los religiosos de la Compañía de Jesús, que por entonces atendían un total de seis colegios en el obispado de Michoacán, se notó de inmediato que ni aún con la fundación del Seminario Tridentino, se haría frente a la gran demanda de estudios que seguramente plantearía a partir de entonces el creciente número de jóvenes criollos y estudiantes que había en toda la diócesis. De hecho, el efecto de la expulsión de los jesuitas en Michoacán, se notó de inmediato en la restauración que se hizo de la suprimida cátedra de Gramática Latina en el Colegio de San Nicolás, y aún más, en la fundación que al parecer se hizo por esos mismos años de otra cátedra complementaria al ciclo de Humanidades, pues a partir de 1769-1770, se comenzaron a opositar y proveer dos cátedras distintas de latinidad en el Colegio de San Nicolás: una de Mínimos y Menores, conocida propiamente como Gramática Latina; y otra de Medianos y Mayores, llamada también de Retórica. Asimismo, es evidente que tras la expulsión de los jesuitas, el Colegio de San Nicolás fue uno de los pocos planteles en el obispado de Michoacán que por entonces pudo dar cabida a los muchísimos estudiantes que de la noche a la mañana se habían quedado sin cátedras. Los testimonios que dan cuenta de este fenómeno son claros y las cifras contundentes. Baste decir que de 44 estudiantes matriculados en el Colegio de San Nicolás a mediados de la década de 1760, la cifra aumentó a 64 colegiales en 1767 y llegó a un total de 78 estudiantes nicolaitas hacia 1770. Esto se reflejó también económicamente en el correspondiente aumento de sus ingresos por concepto del cobro de colegiaturas y pupilajes a dichos estudiantes, que pasó de 7,104 pesos en el trienio 1764-1767, a más 14,390 pesos entre 1767-1770.

Sin duda, la mayor parte de los nuevos colegiales nicolitas arribaron de lugares más o menos cercanos a Valladolid, cómo Pátzcuaro, Celaya, Guanajuato, León y San Luis Potosí, donde hasta 1767 habían existido colegios jesuitas; pero incluso, varios más llegaron al obispado de Michoacán provenientes de otras diócesis y ciudades de mayor importancia, como México, Puebla y Querétaro. Así, una vez matriculados en el Colegio de San Nicolás, pudieron proseguir o concluir los estudios que habían dejado truncados en sus lugares de origen debido a la "expatriación" de los jesuitas. En ese sentido, cabe decir que el 20 de marzo de 1770, el cabildo eclesiástico de Valladolid solicitó a la Junta de Temporalidades de la Corona, que se hacía cargo de administrar todos los bienes de la extinguida Compañía de Jesús, que el flamante edificio del excolegio jesuita de Valladolid le fuera cedido al Colegio de San Nicolás, pues éste se "hallaba sumamente maltratado" y resultaba casi "inservible", para dar atención a tantos estudiantes. Aunque los canónigos de la Catedral vallisoletana confiaban en que esto no sería dificultoso, dicha petición no tuvo el efecto deseado y por lo tanto el Colegio de San Nicolás buscaría en lo sucesivo otra manera de ampliar sus espacios para atender a un número cada vez más grande de colegiales.

Para entonces, el obispo Sánchez de Tagle se hallaba dando los últimos toques a los preparativos para la inauguración solemne del nuevo edificio que albergaría al Seminario Tridentino de Valladolid, cuya fecha de apertura se había programado ya "para la fiesta del glorioso arcángel San Miguel" (29 de septiembre), quizá con el propósito de iniciar cursos unas semanas después, como era la costumbre, puntualmente "en el día de San Lucas" (18 de octubre) de ese mismo año de 1770. En vista de que el Colegio de Infantes y el nuevo Seminario proveerían en lo sucesivo del servicio de acólitos, monaguillos, cantores y músicos a la Catedral, los canónigos acordaron solicitar formalmente al obispo que "se exonerara a los colegiales de San Nicolás de acudir ordinariamente al servicio en la Catedral, por ser ahora competencia del Seminario". Asimismo, propusieron que al curso de Artes (o Filosofía) que estaba por abrirse en el Seminario, "acudiesen los 16 o 18 colegiales de San Nicolás que iniciaban dicho curso". El obispo aprobó estas medidas y de esa manera, a partir de octubre de 1770, los colegiales de San Nicolás dejaron de prestar el servicio ordinario en la Catedral de Valladolid "como había sido costumbre ancestral". A partir de entonces, colegiales nicolaitas y seminaristas vallisoletanos comenzaron a acudir conjuntamente a los cursos de Artes o Filosofía que se impartían de manera alternada en ambos colegios; es decir, un ciclo en el Seminario y otro en el Colegio de San Nicolás. Incluso, con el propósito de evitar posibles riñas y problemas entre los estudiantes de uno y otro plantel, el obispo solicitó por entonces al canónigo superintendente y al rector de San Nicolás que comunicaran a los colegiales nicolaitas que habían de acudir al Seminario, que lo hiciesen "con la mayor hermandad, no solicitando preferencias de clase, sino sentándose entreverados con los del Seminario". Igualmente, al entonces rector, catedrático de filosofía y estudiantes del Seminario Conciliar se les comunicó que deberían:

Esta relación demuestra —insisto— que más allá de una supuesta rivalidad o competencia académica, se estableció a partir de entonces una sana y estrecha colaboración entre ambas instituciones clericales vallisoletanas, como quedaría de manifiesto una vez más en varios apartados de las Constituciones del Seminario Tridentino en las que se especificaba que el rector, los catedráticos y colegiales de San Nicolás serían convidados a las funciones literarias efectuadas en el Seminario con motivo de la apertura de cursos, ejercicios literarios, réplicas y oposiciones, entierros y otros actos públicos. De hecho, es de suponerse que a estos actos correspondiera también en la misma forma el Colegio de San Nicolás; es decir, invitando a su vez al rector, catedráticos y estudiantes seminaristas, a la funciones y demás protocolos académicos que también se efectuaban de manera cotidiana en el colegio nicolaita, de tal manera, pues, que ambas instituciones se complementaban integralmente en la formación y ejercicios académicos y literarios de sus respectivos estudiantes y catedráticos.

Sin embargo, como era de esperarse, la apertura definitiva del Seminario Tridentino en septiembre de 1770, sí afectó sensiblemente al Colegio de San Nicolás en otros rubros, como el de sus rentas y número de estudiantes matriculados. Al respecto, resulta evidente que una vez inaugurados los cursos en el Seminario, en octubre de 1770, la matrícula de estudiantes nicolaitas bajó más del 40% y los ingresos por concepto del cobro de colegiaturas disminuyeron casi un 70%, en tan solo tres años. Baste decir que de los 78 estudiantes matriculados en San Nicolás en el trienio 1767-1770, la cifra bajó a sólo 46 estudiantes entre 1770-1773; en tanto que los ingresos por colegiaturas pasaron de 14,390 pesos recaudados en 1770, a tan sólo 4,752 obtenidos en 1773, registrándose así uno de los índices más bajos de percepción en este rubro en el Colegio de San Nicolás durante todo el siglo XVIII. En contraste, cabe decir que tan sólo entre septiembre-octubre de 1770, el Seminario Tridentino de Valladolid inició sus cursos con una matrícula de 62 estudiantes en total; de los cuales, 30 eran becarios de erección o merced, de acuerdo con las Constituciones del Seminario, decretadas por el propio obispo Sánchez de Tagle; por lo que sus ingresos por concepto del cobre de pupilajes o colegiaturas supernumerarias debió ser alrededor de unos 3,200 pesos en ese mismo año, si consideramos que la manutención de un estudiante se calculaba, en promedio, en unos 100 pesos al año.

En 1775, esta situación no pasó desapercibida para quien entonces acababa de ser nombrado como nuevo rector y canónigo superintendente del Colegio de San Nicolás, el licenciado don Blas de Echeandia, quien de inmediato propuso una serie de medidas para fortalecer la presencia del Colegio de San Nicolás, no sólo en el ámbito académico vallisoletano, sino en general en todo el obispado de Michoacán, pues sentenciaba: "porque de lo contrario se irán muchos de los colegiales y estudiantes al colegio Seminario y se quedará San Nicolás sin gente". En ese sentido, dispuso que la alternancia del curso de Artes (o Filosofía) con el Seminario Tridentino de Valladolid se dejara mejor "al arbitrio" del rector del Colegio de San Nicolás en turno; también ordenó que los dos colegiales más sobresalientes de San Nicolás presentaran cada año sendos actos públicos de Teología Moral y Escolástica; e igualmente implementó y reglamentó por primera vez en el ámbito académico nicolaita la disputa de las llamadas "becas reales de oposición" entre los colegiales pasantes más destacados, para que éstos pudieran permanecer de alguna manera ligados a la institución, pues se trataba ante todo de que así: "tenga el Colegio (de San Nicolás) algún más lustre y no se vayan (sus colegiales al Seminario) por falta de algún premio".

En 1777, con motivo de la llegada a Valladolid del nuevo obispo de Michoacán, Juan Ignacio de la Rocha, el canónigo Blas de Echeandia elaboró también un amplio informe sobre la situación jurídica en que se hallaba el Colegio de San Nicolás respecto al Seminario Tridentino de Valladolid, a fin de que: "Vuestra Señoría Ilustrísima declare a mi colegio la preferencia por su antigüedad respecto del dicho Seminario". Como ya señalaba, este privilegio de antigüedad era algo que el Colegio de San Nicolás ostentaba legítimamente y que en los acontecimientos importantes de la ciudad quería hacer notorio a todas luces. De esa manera, como buen licenciado, Blas de Echeandia recurrió a los principios básicos del derecho para terminar de una vez por todas con la controversia surgida entre las dos notables instituciones educativas del clero secular en Valladolid, pues sólo así —decía el rector de San Nicolás—:

Haciendo gala de su habilidad jurídica, el licenciado Blas de Echeandia señaló entonces que:

Todo parece indicar, además, que ya para entonces el licenciado Blas de Echeandia había comenzado a planificar un ambicioso proyecto académico que desafortunadamente tardaría más de veinte años en llegar a cristalizar, por lo que la vida ya no le alcanzó para verlo terminado definitivamente. Dicho proyecto, consistiría en lanzar por primera vez, en el año de 1776, la iniciativa de establecer nuevas cátedras de derecho y jurisprudencia —o mejor dicho, una cátedra de Cánones y otra de Leyes—, en el Colegio de San Nicolás de Valladolid, para hacer frente así a la evidente amenaza que ya significaba la reciente apertura de cursos mayores en el Seminario Tridentino, aunque su propósito más importante y general era:

Como rector nicolaita, pero sobre todo como licenciado y especialista en la materia, el canónigo Blas de Echeandia se echó a cuestas este ambicioso proyecto e inició formalmente las gestiones correspondientes ante la Corona española con el objeto de que el rey, en su calidad de auténtico patrono del colegio, otorgara el aval necesario y alguna ayuda económica para erigir las nuevas cátedras de Cánones y Leyes en el Real Colegio de San Nicolás. Desafortunadamente, como decíamos, el proceso para la apertura de ambas cátedras de derecho en el colegio nicolaita llevaría más de veinte años de tortuosas negociaciones a uno y otro lado del Atlántico, pues resulta que la documentación originada en Valladolid de Michoacán, en 1776, primero habría de pasar por la ciudad de México para obtener el visto bueno del virrey y del claustro de la Real Universidad que, inexplicablemente, en 1782, dictaminó que dichas cátedras "no eran útiles ni necesarias en el Real Colegio de San Nicolás Obispo de Valladolid", además de que:

Obviamente, ante la apelación del cabildo eclesiástico de Valladolid, los autos fueron remitidos para su dictamen ante el Consejo de Indias en Sevilla y de ahí fueron a parar a la Corte de Madrid para su aprobación final por parte del rey. En ese sentido, consta que el 13 de agosto de 1783, se expidió una primera cédula real que ya autorizaba la erección formal de dichas cátedras de Cánones y Leyes en el Colegio de San Nicolás, pero la mala fortuna impidió que la documentación originada en ese entonces llegara finalmente a su destino en Valladolid de Michoacán, por lo que la vida del entonces rector de San Nicolás, don Blas de Echeandia, ya no alcanzó para ver cristalizado este anhelo personal al haber fallecido accidentalmente en noviembre de 1786. Así, pues, más que a la falta de un capital suficiente para llevar a cabo la erección definitiva —como a veces se ha mencionado—, debe quedar claro que las gestiones iniciales para establecer las nuevas cátedras de Cánones y Leyes en el Colegio de San Nicolás, durante las décadas de 1770 y 1780, no tuvieron por entonces el efecto deseado debido a otros imponderables. Por lo tanto, creo que es justo reconocer ahora, al paso de los siglos, al ilustre canónigo y rector nicolaita, Blas de Echeandia, como el gran promotor para la fundación de ambas cátedras de derecho en el Colegio de San Nicolás, aunque la vida no le haya alcanzado para ver el momento culminante de su inauguración.

Ese último y ya conocido tramo de la historia, tuvo lugar hacia el año de 1790, cuando una rica vecina de Valladolid, llamada doña Francisca Xaviera de Villegas y Villanueva, donó por vía testamentaria más de 16,000 pesos en favor del Colegio de San Nicolás, "movida del reconocimiento a los beneficios que sus hermanos recibieron con la educación y la enseñanza que se les ministro en él". Ya para entonces, el nuevo canónigo superintendente del Colegio de San Nicolás era el famoso Conde de Sierra Gorda, don Mariano de Escandón y Llera, quien a partir de ese momento asumió todo el protagonismo del caso e hizo los arreglos necesarios para que tan cuantiosa donación se destinara definitivamente para la erección de las anheladas cátedras de cánones y leyes. Fue entonces que salieron a relucir los antecedentes del caso y la extraña pérdida de los autos originales que se habían remitido a España tan sólo unos años antes. De esa manera, se procedió de nueva cuenta a hacer todas las averiguaciones pertinentes y hacia 1793 se remitieron nuevamente otros autos originales a la metrópoli española. Así fue como se expidió una nueva y definitiva cédula real —fechada en San Lorenzo el 23 de noviembre de 1797—, por medio de la cual se ratificaron todos los autos y cédulas anteriores, y se erigieron finalmente, con todas las formalidades del caso, las nuevas y anheladas cátedras de Cánones y Leyes en el Real y Primitivo Colegio de San Nicolás. La noticia y la llegada definitiva de la cédula real de erección, se conocieron en Valladolid de Michoacán casi un año después, aunque ya desde 1797 el agente del cabildo eclesiástico michoacano ante la Corte de Madrid —Juan Francisco Fernández de Haro—, había escrito una serie de cartas dirigidas a los canónigos vallisoletanos confirmando:

Así, el 30 de octubre de 1798, en solemne sesión del cabildo los canónigos conocieron el tenor de dicha real cédula y de inmediato procedieron a dictaminar y aprobar otras formalidades jurídicas relacionadas con la oposición y ocupación de las nuevas cátedras. El impacto de la llegada de la cédula real, que por fin después de tantos años autorizaba la erección formal de las cátedras de cánones y leyes en el Colegio de San Nicolás fue tan grande, que el 4 de noviembre de 1798 se celebró públicamente el acontecimiento con un solemne acto realizado a las afueras del colegio, en un magno evento al que acudió lo más granado de la ciudad de Valladolid. Dicho acto, fue reseñado días más tarde por un escritor anónimo y la nota apareció publicada, con bombos y platillos, en la Gaceta de México del 14 diciembre de ese mismo año.

La bibliografía clásica sobre la historia del Colegio de San Nicolás nos refiere el hecho de que, posteriormente a la apertura de las cátedras de Leyes y Cánones, el canónigo Mariano de Escandón y Llera se dio a la tarea de erigir dos nuevas cátedras en el mismo colegio: una de Matemáticas y otra de Lengua Tarasca. Igualmente, destaca el hecho de que por esos años ya ocupara la rectoría del Colegio de San Nicolás el doctor José Sixto Berduzco, ilustre personaje que años más tarde figuraría también de manera muy importante en el movimiento insurgente. Sin embargo, en general, considero que la cuestión es confusa, por lo que ya es tiempo de aclarar esta situación y señalar cuáles fueron en realidad las otras cátedras que se fundaron en el Colegio de San Nicolás, a principios del siglo XIX, y en qué condiciones funcionaron éstas.

La primera cátedra fundada en los albores de dicho siglo, y que por supuesto debió su erección a los esfuerzos e interés personal del ya para entonces maestrescuela de la Catedral vallisoletana, Mariano de Escandón y Llera, fue la de Vísperas de Sagrada Teología. Según el Conde de Sierra, dicha cátedra debía fundarse "para dar mayor lustre del colegio" y completar así totalmente el curriculum de estudios teológicos en San Nicolás. Para ello, el 6 de marzo de 1802, el propio maestrescuela Escandón "hizo la donación de 6 mil pesos de principal y 300 de renta anual" con que debería sustentarse dicha cátedra. Así, pues, aprovechando que en esos momentos se estaban llevando a cabo los autos de oposición para la provisión de la cátedra de Prima de Sagrada Teología en el Colegio de San Nicolás, se tomó la determinación de proveer las tres cátedras de Teología a la vez, quedando por tanto:

Sin embargo, la cátedra de Vísperas de Sagrada Teología en San Nicolás sólo funcionó temporalmente, entre 1802 y 1805, pues al parecer la dotación del capital con la renta correspondiente que había otorgado el Conde de Sierra Gorda, no se instituyó formalmente y el cobro de sus réditos no quedó asegurado. Sólo así, se explicaría el siguiente acuerdo tomado por el cabildo eclesiástico de Valladolid, en marzo de 1805: